逃亡医F：主人公藤木圭介是一位医术卓越的天才脑外科医生，某日恋人八神妙子从医院的楼顶上坠落，而他却被指控为将女友从医院屋顶推落意图杀害的犯罪嫌疑人。为了找出案件的真相，他放弃了地位与名誉，不得不化名为鸣海健介四处逃亡。为了证明自己的清白，主人公一边躲避警方追捕一边搜索证据。在他逃亡途中，遭遇到很多需要医疗救助的人。这些突发的场合之下，如果不及时施以援手，很可能受伤者、患者会因为得不到及时救治而失去生命。于是这位天才外科医，在不暴露自己身份的情况下，一次次的在这些恶劣的环境中为病人提供帮助，拯救了许多濒死的病人。这是一部充满刺激又令人感动的医疗故事，也是寻找真凶和事件真相的悬疑故事。最初主人公被警方追捕，但在过程中，是警察同时也是死去恋人哥哥的八神拓郎逐渐察觉到真相，选择了和主人公一同揭露这一事件背后的阴谋。原来，这一切都是因为一家生物制药公司想要盗取八神妙子的研究成果导致的悲剧。最终，在警方等各方的帮助下藤木圭介得以洗清，将真正罪恶的一方绳之以法。